O Decreto-Lei n.º 163/2012, de 31 de Julho, definiu a missão, atribuições e tipo de organização interna da DGPJ.
A Portaria n.º 389/2012, de 29 de novembro, estrutura a DGPJ em quatro unidades orgânicas com as seguintes competências:
· A Direção de Serviços de Estatística da Justiça e Informática (DSEJI), assegura o desenvolvimento das atribuições da DGPJ na área das estatísticas da justiça e da gestão da informação;
· O Gabinete de Relações Internacionais (GRI), assegura o desenvolvimento das acções necessárias ao exercício das atribuições da DGPJ no domínio das relações externas;
· O Gabinete para a Resolução Alternativa de Litígios (GRAL), assegura o desenvolvimento das atribuições da DGPJ na área da resolução alternativa de litígios;
· A Direção de Serviços de Gestão de Recursos (DSGR), assegura o desenvolvimento das atribuições na área da gestão de recursos humanos, patrimoniais e financeiros da DGPJ.
A mesma portaria fixa o número máximo de unidades orgânicas flexíveis da DGPJ em nove, cujas denominações e competências foram fixadas no Despacho n.º 16290/2012, publicado no DR de 21 de dezembro (alterado pelo Despacho n.º 4128/2015, publicado no DR de 24 de abril).
O Gabinete de Relações Internacionais é composto pelas seguintes divisões:
a) Unidade para a Justiça Penal (UJP)
b) Unidade para a Justiça Civil, Cidadania e Contencioso Internacional (UJC)
c) Unidade de Cooperação Internacional (UCI)
A Direção de Serviços de Estatísticas da Justiça e Informática compreende as seguintes divisões:
a) Divisão de Estatísticas da Justiça (DEJ)
b) Divisão de Informática (DI)
O Gabinete para a Resolução Alternativa de Litígios (GRAL) compreende as seguintes divisões:
a) Diretor de Serviços, que coadjuva o Subdiretor-Geral que dirige o GRAL
b) Divisão de Julgados de Paz e da Mediação (DJPM)
A Direção de Serviços de Gestão de Recursos (DSGR) compreende as seguintes divisões:
a) Divisão de Gestão de Recursos Humanos (DGRH)
b) Divisão de Gestão de Recursos Materiais e Financeiros (DGRMF)
Dentro das unidades orgânicas flexíveis da DGPJ conta-se ainda a seguinte divisão:
a) Centro de Documentação e Informação (CDI)
